ATS controlla sia le piscine che le acque di balneazione dell'Idroscalo, dei fiumi Ticino e Adda.
Per le piscine vengono valutati la qualità microbiologica e chimico-fisica delle acque di vasca, attraverso campionamenti, le condizioni igieniche e l'applicazione dei manuali di autocontrollo e, per i nuovi impianti, le segnalazioni certificate di inizio attività (SCIA ) presentate dai Comuni. 
Per le acque di balneazione viene valutata la qualità igienico-sanitaria, attraverso campionamenti.

N.B. pagamento tariffa per i diritti sanitari a favore di ATS Milano (“Tariffario del Dipartimento di Igiene e Prevenzione Sanitaria della ATS Città Metropolitana di Milano per le prestazioni richieste da terzi nel proprio interesse in materia di igiene sanità pubblica, prevenzione e sicurezza” – voci n. 1, 2 ,3 e 39 - disponibile nella sezione "Documenti") da effettuarsi nel portale PagoPA di ATS Milano